केंद्रीय जांच ब्यूरो ने छह प्रथम सूचना रिपोर्ट (एफआईआर) को फिर से दर्ज किया है और मणिपुर में जातीय हिंसा से संबंधित मामलों की जांच के लिए एक डीआईजी-रैंक अधिकारी के तहत एक विशेष जांच दल (एसआईटी) का गठन किया है, जिसमें करीब 100 लोगों की जान चली गई थी। एसआईटी में 10 अधिकारी होते हैं।
पूर्वोत्तर राज्य की अपनी यात्रा के दौरान, केंद्रीय गृह मंत्री अमित शाह ने छह एफआईआर की जांच के लिए सीबीआई जांच की घोषणा की थी। पांच कथित आपराधिक साजिश पर और एक मणिपुर में हिंसा के पीछे सामान्य साजिश पर। अधिकारियों ने बताया कि केंद्र के माध्यम से भेजे गए राज्य के एक संदर्भ पर कार्रवाई करते हुए, सीबीआई ने एसआईटी का गठन किया और मामलों की जांच अपने हाथ में ले ली। शाह राज्य में सुरक्षा स्थिति की समीक्षा करने और 3 मई से मणिपुर को प्रभावित करने वाली उथल-पुथल को हल करने के लिए युद्धरत कुकी और मेइती को एक साथ लाने के लिए मणिपुर की चार दिवसीय यात्रा पर थे।
सबसे अधिक प्रभावित जिलों में से एक चुराचंदपुर में शाह ने -कुकी नागरिक समाज संगठनों के नेताओं, जनजाति प्रतिनिधियों और बुद्धिजीवियों के साथ बंद कमरे में बैठकें कीं। नागरिक समाज संगठन के नेताओं, छात्र निकायों, महिला समूहों और जनजाति नेताओं के साथ था उनकी बातचीत का पहला दौर, जो लगभग एक घंटे तक चला।